Структурна організація геному помірного бактеріофага ZF40 Erwinia carotovora - Автореферат

НАЦІОНАЛЬНА АКАДЕМІЯ НАУК УКРАЇНИВперше показано, що термічна інактивація бактеріофага ZF40 носить двостадійний характер, що свідчить про гетерогенність віріонів фага ZF40. За допомогою термічної інактивації одержано набір температуростійких мутантів clear-типу. термічний бактеріофаг гетерогенність віріон Для одержання високоочищених віріонів фага ZF40 вперше запропоновано метод двостадійного центрифугування в градієнті метризаміду з наступною їх очисткою в градієнті густини хлористого цезію. Вперше показано, що для віріонних ДНК фага дикого типу і його температуростійких clear-мутантів властива циклічна пермутація геному. Неперервний характер пермутації у фага дикого типу змінюється на дискретний у температуростійких мутантів clear-типу.Під структурною організацією фагового геному розуміють первинний, вторинний, третинний та вищі рівні упорядкування віріонної ДНК [Banfalvi, Caspar, 1986], яка виражається через наявність липких кінців, делецій, вставок, інверсій, пермутації, кінцевої надлишковості, кільцеутворення та надспіралізації ДНК при її упаковці в капсид. У фагів першого типу формування індивідуальних фагових геномів сталої величини і послідовності відбувається шляхом розрізання лінійного конкатемера в певних фіксованих ділянках, або cos-сайтах. У фагів другого типу процес розрізання і упаковки ДНК в капсид ініціюється в специфічному рас-сайті конкатемерної молекули і далі проходить неспецифічно. ? Встановити білковий склад віріона фага ZF40 і проаналізувати формування капсидів у фага ZF40 та його с-мутантів За допомогою термічної інактивації одержано набір температуростійких мутантів clear-типу, віріонна ДНК яких має інший характер пермутації, ніж така фага ZF40 дикого типу.В роботі були використані такі бактерії і бактеріофаги: 7 штамів E. carotovora subsp. carotovora (Есс), 1 штам E. horticola, 4 штами Escherichia coli, 2 штами Salmonella typhimurim; коліфаги ?, Р1Cmcts, Т4D, T7M, FE44, ервініофаги 49, ZF40 та його clear-мутанти: с3, с6, с9, с10 [Кушкина, Товкач, 2005], с5/5, с1, с1А3, СВ/3, с2/5, с6/5, с7/5, с8/5 [Панщина, Товкач, 2006]; ZF40с5/5/М2-4/50RI [Черватюк, 2007]; ZF40/421 [Кушкина и др., 2006]; Р22. Для пошуку стійких до температури мутантів проводили не менш ніж чотири цикли підрощування-інактивації фагів у буфері ТЕ при температурі 58 °С. Фагові мутанти clear-типу клонували не менш ніж 5 разів. Для досягнення основної мети роботи була поставлена задача одержати фагові мутанти, які б мали суттєві зміни в структурі ДНК і були в подальшому використані для визначення циклічної пермутації геному фага ZF40. Фаг Р1 виявився в 10 разів більш стійким до дії температури, ніж фаг ZF40, віріон якого в два рази менший за розміром.Методом термоінактивації одержано стійкі до температури варіанти фага (rt-типу), серед яких мутанти clear-типу складають 0,53 %. У температуростійких мутантів clear-типу на відміну від фага ZF40 виявлено зміну характера пермутації і формування капсидів із збільшеною електрофоретичною рухливістю. Неперервний характер пермутації у фага дикого типу змінюється на дискретний у температуростійких мутантів clear-типу.