Принципы и организационно-методическое обеспечение качества молекулярной диагностики урогенитальных инфекций - Автореферат

Принципы и организационно-методическое обеспечение качества молекулярной диагностики урогенитальных инфекций АВТОРЕФЕРАТ диссертации на соискание ученой степени доктора биологических наукРабота выполнена в ФГБУ «Научно-исследовательский институт акушерства и гинекологии им. Официальные оппоненты: Зыбина Наталья Николаевна доктор биологических наук профессор ФГБУ «Всероссийский центр экстренной и радиационной медицины имени А.М. Карпищенко Анатолий Иванович доктор медицинских наук профессор СПБГУЗ «Медицинский информационно-аналитический центр», руководитель сектора клинической лабораторной диагностики и метрологии организационно-методического отдела мониторинга качества медицинской деятельности Защита состоится «_10_» _октября_ 2013 года в 13 часов на заседании диссертационного совета Д 205.001.01 при ФГБУ «Всероссийский центр экстренной и радиационной медицины им. С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке ФГБУ «Всероссийский центр экстренной и радиационной медицины имени А.М.К их числу относятся полимеразная цепная реакция (ПЦР), амплификация со смещением нити ДНК (strand displacement amplification, SDA), транскрипционно-опосредованная амплификация (transcription mediated amplification, TMA), амплификация, основанная на последовательности нуклеиновых кислот (nucleic acid sequence-based amplification, NASBA). К числу урогенитальных инфекций, в диагностике которых широко используются МАНК, относятся инфекции, передаваемые половым путем (ИППП) (гонорея, хламидийная инфекция, трихомониаз, инфекция, ассоциированная с Mycoplasma genitalium), а также этиологически связанная с раком шейки матки (РШМ) папилломавирусная инфекция. Микроскопический метод выявления гонококков имеет невысокую чувствительность и специфичность и по международным стандартам может использоваться только у мужчин с острым уретритом; тем не менее, метод очень широко используется в нашей стране (Unemo M. et al., 2006). Эффективность молекулярной диагностики урогенитальных инфекций в нашей стране в значительной мере ограничивается недостаточной разработанностью нормативной базы по обеспечению качества исследований с использованием неколичественных методов, к числу которых относятся методы анализа нуклеиновых кислот возбудителей инфекций. Принципы клинической оценки неколичественных тестов обобщены в ряде международных стандартов (European Committee for Clinical Laboratory Standards, 1990; Clinical and Laboratory Standards Institute, 2008), однако способы оценки тестов в разных областях лабораторной медицины различаются как в аспектах экспериментального дизайна, так и анализа данных, и должны разрабатываться с учетом специфики методов и аналитов.Всего оценивалось 22 теста (20 тестов на основе ПЦР и 2 теста на основе NASBA) (табл. Тесты ПЦР в реальном времени для выявления псевдогена N. gonorrhoeae PORA (Hjelmevoll S.O. et al., 2006) COBAS AMPLICOR CT/NG Test (Roche Molecular Systems, США), LIGHTMIX 480HT (TIB MOLBIOL, Германия) ПЦР в реальном времени для выявления фрагмента повторяющейся ДНК T. vaginalis (Pillay Оценка теста основывалась на рекомендациях международной группы экспертов (Meijer C.J. et al., 2009), согласно которым ВПЧ-тест должен оцениваться в сравнении с тестом Hybrid Capture 2 High-Risk HPV DNA Test (HC2) (Qiagen, США) на выборке женщин старше 30 лет из скрининговой популяции. Пределы детекции тестов ПЦР-эф-ДТ-NG, ПЦР-рв-ДТ-NG, ПЦР-эф-Л-NG, ПЦР-эф-ИЭ-NG и ПЦР-рв-ИЭ-NG составили 1-3, 1-3, 3-6, 1-3 и 1 копий ДНК на реакцию, соответственно. Пределы детекции тестов ПЦР-эф-ДТ-CT, ПЦР-рв-ДТ-CT, ПЦР-эф-Л-CT, ПЦР-эф-ИЭ-CT и ПЦР-рв-ИЭ-CT составили 2-4, 4-6, 4-6, 2-4 и 2-4 копий ДНК на реакцию, соответственно.Для оцененных отечественных тестов, предназначенных для диагностики гонореи, хламидийной инфекции и трихомониаза, установлена удовлетворительная диагностическая чувствительность в сравнении с референтными тестами (67-100%, 86-100%, 67-100%, соответственно). Для всех оцененных отечественных тестов для диагностики инфекций, передаваемых половым путем, установлена высокая диагностическая специфичность в сравнении с референтными тестами (99-100%). При оценке аналитической специфичности тестов для выявления M. genitalium для одного теста зарегистрирована перекрестная реактивность с ДНК M. pneumoniae в концентрации ?100 копий/мкл. Диагностические параметры оцененного Российского теста для определения клинически значимого количества ДНК вируса папилломы человека высокого онкогенного риска соответствуют требованиям, предъявляемым к тестам для скрининга рака шейки матки (чувствительность для выявления цервикальных интраэпителиальных неоплазий высокой степени тяжести - 100%, чувствительность и специфичность по отношению к результатам референтного теста - 89% и 98%, соответственно).

ОСНОВНОЕ СОДЕРЖАНИЕ РАБОТЫ