Основные принципы современных методов секвенирования. Технология, сильные и слабые стороны ионного полупроводникового секвенирования. Включение дезоксирибонуклеотид трифосфата. Отсутствие модифицированных нуклеотидов и оптических измерений в методе.
Быстрое совершенствование технологий секвенирования ДНК в последние годы привело к значительному снижению стоимости оцифровки генетической информации. Производительность некоторых секвенаторов измеряется уже сотнями миллиардов пар оснований, что позволяет подобным приборам сканировать индивидуальный геном человека всего за несколько дней. У каждого метода есть как свои преимущества, так и свои недостатки, которые и определяют рациональность использования метода в конкретной ситуации. Платформы для методов нового поколения основываются на распараллеливании процесса «чтения» ДНК, и таким образом за один прогон работы секвенатора можно определить первичные структуры нескольких участков генома. На сегодняшний день производительность некоторых секвенаторов измеряется уже сотнями миллиардов пар оснований, что, например, позволяет подобным приборам сканировать индивидуальный геном человека всего за несколько дней.В не далеком будущем технологии секвенирования станут более быстрыми и менее дорогими, что позволит использовать их для идентификация мишеней для лекарственной терапии онкологических больных.
Вывод
В не далеком будущем технологии секвенирования станут более быстрыми и менее дорогими, что позволит использовать их для идентификация мишеней для лекарственной терапии онкологических больных. Уже сейчас анализ по технологии секвенирования следующего поколения (NGS) от момента биопсии до завершения NGS занимает менее 100 дней. Столько же времени занимает секвенирование всего генома (whole genome sequencing, WGS) и секвенирование всего транскриптома.
Список литературы
1. Bio-IT World, Davies, K. Powering Preventative Medicine. Bio-IT World 2011
2. GENOMEWEB DNA Electronics Licenses IP to Ion Torrent. August 2010
3. Rusk, N. (2011). «Torrents of sequence». Nat Meth 8(1): 44-44.
4. GENOMEWEB Roche Partners with DNA Electronics to Help Migrate 454 Platform to Electrochemical Detection. November 2010
5. Purushothaman, S, Toumazou, C, Ou, C-P Protons and single nucleotide polymorphism detection: a simple use for the ion sensitive field effect transistor
6. Pennisi, E. (2010). «Semiconductors inspire new sequencing technologies». Science 327(5970): 1190.
