Отличия ДНК-белковых от РНК-белковых взаимодействий. Ранние представления об РНК-белковых взаимодействиях. Современные методы исследования РНК-белковых взаимодействий. Биохимические методы. Физические методы. Метод молекулярного замещения.
Аннотация к работе
Отличия ДНК-белковых от РНК-белковых взаимодействий 4 1.2. РНК-связывающие структурные мотивы в белках 6 1.2.2. Взаимодействия белков с матричными РНК 9 1.2.4. Построение и уточнение модели 24 2.2. Отличия ДНК-белковых от РНК-белковых взаимодействий Двойная спираль ДНК - это регулярная структура, в которой наиболее существенные отличия между соседними участками заключены в последовательности пар оснований. Также было отмечено потенциальное значение и «непрямого считывания». В таком случае специфичность связывания может определяться контактами белка с остовом ДНК [40]. Индуцированные белком нарушения структуры ДНК довольно обычны и могут варьировать по форме от небольших изгибов, как в сайте нуклеазы EcoRI, до больших изгибов и выведения оснований из стэкинга, как в комплексе с ТАТА-связывающим белком [24]. Исследования часто встречающихся «четырёхнуклеотидных» шпилек и консервативных внутренних и шпилечных петель рибосомной РНК, методами ЯМР и рентгеноструктурного анализа выявили специфические нерегулярные структуры, содержащие неканонические пары и выпячивания. Чтобы взаимодействовать со всеми компонентами трансляционного аппарата, все тРНК должны иметь достаточно схожую трёхмерную структуру, что значительно затрудняет для каждой из 20 синтетаз выбор своих изоакцепторных тРНК из пула тРНК клетки. Вторая группа включает домены рРНК, имеющие сложную пространственную структуру, взаимное расположение сегментов которой стабилизируется рибосомными белками. Несмотря на свою концептуальную простоту, метод всё же не является достаточно надёжным и не подходит для изучения некоторых РНК-белковых комплексов: он хорошо работает для сравнительно небольших молекул РНК, большие же молекулы РНК-белковых комплексов часто не удерживаются.