Описание структурных особенностей организации гетерогенной фотосинтетической мембраны с помощью прямой многочастичной компьютерной модели. Визуализация виртуальной трехмерной многочастичной модели циклического транспорта электронов вокруг фотосистемы.
Аннотация к работе
ПРЯМЫЕ КОМПЬЮТЕРНЫЕ МОДЕЛИ ПРОЦЕССОВ В Формирование сцены и расположение объектов.На боковых границах области моделирования использованы тороидальные (периодические) граничные условия, означающие, что если частица пересекает границу моделируемой области с одной стороны, то точно такая же частица возникает на противоположной границе. Эффективные радиусы взаимодействия выбирали равными размерам взаимодействующих белков, т.е. докинг происходил, когда переносчик сталкивался с комплексом. Оценить эффективные радиусы взаимодействия и вероятности посадки подвижных переносчиков на комплексы можно, исследуя влияние этих величин на кинетические константы взаимодействия подвижного переносчика и комплекса. Эффективный радиус взаимодействия r - это параметр модели, характеризующий расстояние между подвижным переносчиком и комплексом, при сближении на которое начинают действовать электростатические силы, приводящие к посадке (докингу) подвижного переносчика на комплекс. Для каждого типа комплекса и подвижного переносчика задается свое характерное время реакции образования и распада комплекса и характерное время передачи электрона между комплексом и подвижным переносчиком.