Эксперимент по изучению реакции протеома нервной ткани речного рака на окислительный стресс, вызванный фотодинамическим воздействием. Прогнозируемая сеть белок-белковых взаимодействий, разворачивающихся в нервной ткани при фотоокислительном стрессе.
Аннотация к работе
Программные инструменты и биологические базы данных для построения гипотез о взаимодействиях белков по результатам протеомного профилированияСовременные методики протеомных экспериментов позволяют одновременно отслеживать изменения уровней сотен и тысяч белков [1-3]. В результате таких экспериментов удается установить основных молекулярных "действующих лиц" изучаемого процесса, однако не удается определить возможные межмолекулярные взаимодействия, лежащие в его основе. Целью настоящей работы была разработка подхода к построению молекулярных моделей реакций клеток на внешние воздействия, который, с одной стороны, базировался бы на данных, получаемых в ходе протеомного исследования, а с другой стороны, использовал бы потенциал постоянно пополняемых публичных баз данных о бинарных белок-белковых взаимодействиях. Для объединения белков исходного списка в гипотетическую сеть использовались два подхода к определению возможных бинарных белок-белковых взаимодействий: 1) программный интеллектуальный анализ аннотаций научных статей по молекулярной биологии, находящихся в базе PUBMED (мы использовали демо-версию пакета Pathway Studio [5] от компании Ariadne Genomics); 2) запрос к специализированным базам данных белк-белковых взаимодействий (в большинстве случаев мы использовали базу BIOGRID [6]) с помощью свободно распространяемого пакета Cytoscape [7]. Размер получаемых сетей молекулярных взаимодействий мог быть различным - в Pathway Studio это определялось количеством анализируемых статей, в Cytoscape можно было указать длину цепочки связей, обозначающих взаимодействия, по отношению к белкам входного списка (в среднем, получаемые сети состояли из 2-3 сотен белков, Рис.1).