Аналіз результатів використанням комерційного набору Power Soil Isolation Kit та різних методів виділення мікробної ДНК (генів 16S рРНК з універсальними бактеріальними праймерами) з чорнозему звичайного і темно-сірого опідзоленого ґрунту ризосфери сої.
Аннотация к работе
Інститут мікробіології і вірусології ім. Заболотного НАН України, вул.Після очистки з використанням високодисперсного оксиду кремнію (APPLICHEM, Германія) всі препарати ДНК, виділені з темно-сірого опідзоленого ґрунту, були придатні для ампліфікації генів 16S РРНК з універсальними бактеріальними праймерами 11F і 1492R. Виділення ДНК з використанням комерційного набору Power Soil DNA Isolation Kit (MO BIO, США) дозволило отримати невелику кількість ДНК, придатної для молекулярних досліджень, без процедури додаткової очистки. Для отримання препаратів ДНК з ризосферного ґрунту нами застосовано 6 методів, що базуються на прямому лізисі бактеріальних клітин (без попередньої ізоляції бактеріальних клітин з ґрунту) з подальшим виділенням ДНК. Слід зазначити, що співвідношення А260/А230, за яким оцінюють ступінь забруднення препаратів ДНК іншими органічними сполуками (напр. гуміновими кислотами тощо) при використанні всіх 6 методів були низькими - від 0,36 (за використання Power Soil DNA Isolation Kit) до 0,85 (за виділення ДНК із застосуванням TENC-буфера). При співставленні результатів, отриманих при виділенні ДНК з темно-сірого опідзоленого ґрунту, встановлено, що використані методи 1, 2, 3 і 5 давали майже однаковий вихід препарату ДНК - від 21,6 до 43,3 мкг/г АСҐ з низькою якістю: співвідношення А260/А280 дорівнювало 1,38-1,41, а співвідношення А260/А230 коливалося від 0,77 (метод 5) до 0,85 (метод 1 і 3).