Електрофоретичний спектр продуктів ампліфікації з парою праймерів. Ідентичність секвенованих послідовностей, відмінності у їх розмірах та складі. Переміщення ретротранспозонів по геному інтрогресивних ліній або зміни положення чи структури мікросателіту.