Антигенна структура білків оболонки двох українських штамів м-вірусу картоплі - Автореферат

Національна академія наук України Інститут біоорганічної хімії та нафтохімії Автореферат дисертації на здобуття наукового ступеня кандидата біологічних наук 02.00.10 - Біоорганічна хімія Антигенна структура білків оболонки двох українських штамів м-вірусу картоплі Ткаченко Тетяна Юріївна Київ 2003 Дисертацією є рукопис. Робота виконана у відділі структури і функції білків та пептидів Інституту біоорганічної хімії та нафтохімії НАН України. Необхідність вивчення фітовірусів на Україні визначається, в першу чергу, тим, що більша частина території України - це райони інтенсивного землеробства. Антигенні властивості карлавірусів, незважаючи на широку розповсюдженість представників цієї групи та високу враженість ними виробничих посівів в світі та в Україні, на сьогодні залишаються маловивченими. Дисертаційна робота виконувалась у межах тематичних планів Інституту біоорганічної хімії та нафтохімії НАН України (тема № 2.1.10.14) “Дослідження фізико-хімічної та антигенної будови білка Р69 кашлючного мікроба, дифтерійного токсину та капсидних білків деяких штамів М-вірусу картоплі” (номер держреєстрації 0197U009977). Мета роботи полягала в локалізації та характеристиці антигенних детермінант білків оболонки (БО) двох українських штамів М-вірус картоплі (PVM U1 та PVM U7) за допомогою трьох моноклональних антитіл (МКА), а також у виявленні особливостей первинної та вторинної структури БО ряду карлавірусів. Провести передбачення та множинне порівняння вторинних структур білків оболонки карлавірусів і вивести загальну схему організації вторинної структури, характерної для білків оболонки карлавірусів, зокрема для PVM. При аналізі антигенної структури білків оболонки PVM U1 та PVM U7 використані такі методи біоорганічної хімії та біохімії, як ферментативний гідроліз білка, фракціонування пептидів методом ВЕРХ, гель-електрофорез, хімічна модифікація пептидів, дот імуноблотинг, імуноферментний аналіз (ІФА) та інгібування ІФА; при аналізі первинної та вторинної структури БО карлавірусів - методи множинного вирівнювання послідовностей, пошуку мотивів в білкових базах даних та передбачення вторинної структури. Вперше локалізовано антигенні детермінанти, які специфічно розпізнаються МКА M6D5 та M9G1 на поліпептидних ланцюгах білків оболонки PVM U1 та PVM U7, та встановлено розташування антигенних детермінант, що взаємодіють з МКА М4С1, M6D5 та M9G1, відносно одна одної. Показано, що N-кінцева ділянка БО PVM експонована на поверхню білкової субодиниці та вірусної частки. Планшети сенсибілізували БО PVM або пептидом П14. Програма CLUSTAL W доступна через інтернет-сервер з молекулярної біології ExPASy (Expert Protein Analysis System - експертна система з аналізу білків) - а також на сайті Європейського інституту біоінформатики - Сканування баз даних відомих білкових послідовностей SWISS-PROT та TrEMBL (Bairoch A. and Apweiler R., 1997) на наявність заданих мотивів проводилося з використанням Бази даних білкових родин та доменів PROSITE - Database of protein families and domains та інструменту ScanProsite ( (Bairoch A. et al., 1997). В результаті ІФА триптичних фракцій було виявлено, що жодна фракція не розпізнавалася МКА М4С1; МКА M6D5 взаємодіяли з фракціями U1-13 та U1-14, одержаними при розділенні фрагментів БО U1 та фракціями U7-15 та U7-16, одержаними при розділенні фрагментів БО U7; МКА M9G1 розпізнавали фракції U1-14 та U7-16. Заміна Glu®Gly не впливає на взаємодію МКА з пептидами та цілою молекулою БО U7, тобто, скоріш за все, залишок Glu22 не є критичним для взаємодії епітопів M6D5 та M9G1 з відповідними МКА.